Po končanem dodiplomskem študiju se nekateri študentje odločijo za nadaljevanje študija oziroma podiplomski študij. Podiplomski študij je namenjen tistim, ki so del svoje študijske poti že prehodili. K podiplomskemu študiju spadajo programi druge stopnje in študijski programi tretje stopnje. Študijski programi druge stopnje so magistrski programi, kjer študentje po končanem študiju pridobijo strokoven naziv. Študijski programi tretje stopnje so doktorski študijski programi, kjer študentje po končanem študiju pridobijo znanstveni naziv – so doktorji znanosti določenega področja.
Magistrski študijski programi
Magistrski študijski programi predstavljajo tako nadgradnjo kompetenc, pridobljenih na prvi stopnji, kot tudi obogatitev, razširitev in poglobitev vsebin študija. Posebno vrednost na tej stopnji predstavljata interdisciplinarnost in internacionalizacija, kar se odraža v ponudbi mobilnosti, medfakultetnem in mednarodnem sodelovanju pri izvajanju teh študijskih programov.
Na Univerzi v Ljubljani je akreditiranih skupaj 216 magistrskih študijskih programov druge stopnje. Od tega je akreditiranih 14 skupnih magistrskih študijskih programov, ki jih članice Univerze v Ljubljani izvajajo skupaj z drugimi univerzami iz tujine. Vsi akreditirani magistrski študijski programi se ne razpisujejo vsako leto. Razpisani programi so za posamezno študijsko leto objavljeni v razpisu za vpis, ki se objavi najpozneje 1. junija za naslednje študijsko leto.
Doktorski študijski programi tretje stopnje
Večinoma so interdisciplinarni in obsegajo različna znanstvena področja. Med seboj se razlikujejo po stopnji interdisciplinarnosti in načinu koordinacije: doktorski študijski programi z izrazitim interdisciplinarnim pristopom in koordinacijo na Univerzi, doktorski študijski programi z interdisciplinarnim pristopom in koordinacijo na fakultetah, doktorski študijski programi, ki obravnavajo področja, za katera so pristojne posamezne članice, ki programe tudi koordinirajo, skupni doktorski študijski programi, ki jih je Univerza v Ljubljani pripravila skupaj z drugimi evropskimi univerzami.
Trajajo tri leta in obsegajo 180 kreditnih točk po ECTS. Študentje študijskih programov tretje stopnje morajo opraviti 60 kreditnih točk organiziranih oblik pouka, izdelati doktorsko disertacijo in kot zaključek samostojnega raziskovalnega dela pred zagovorom disertacije objaviti najmanj en znanstveni članek s prvim avtorstvom. Doktorsko disertacijo kandidati zagovarjajo v obliki javnega zagovora pred komisijo. Z uspešnim zagovorom doktorske disertacije študent v skladu z zakonom in študijskim programom pridobi znanstveni naslov doktor oziroma doktorica znanosti.